Új vírusellenes szert terveztek MI segítségével kollégáink
A SARS-CoV-2 vírus megjelenése 2020 egyik legjelentősebb egészségügyi eseménye volt. A világméretű kihívás gyors kutatói együttműködést váltott ki, amelynek eredményeként számos kisméretű molekulákra és fehérjékre épülő vírusellenes gyógyszer (antivirális terapeutikum) született. Ezek közül néhány az úgynevezett nanotestek kategóriájába tartozik, amelyek egy szerkezeti egységből álló (ú.n. egydoménes) fehérjék, és az antitestekhez hasonlóan képesek a vírusfehérjéket (antigéneket) megkötni.
Az HUN-REN-ELTE Fehérjemodellező Kutatócsoportjának munkatársai ilyen nanotestek kötődési képességének javításán dolgoztak mesterséges intelligencia alapú algoritmusok segítségével. Az algoritmusok a természetben előforduló (vad típusú) nanotestek és antigének szerkezete alapján javasoltak mutációkat, az erősebb kötődés érdekében. A kutatók a javasolt mutációk hatását a molekulák dinamikus viselkedését szimuláló számításokkal vizsgálták. A számítógépes jóslatok alapján a legjobban teljesítő mutáns nanotesteket laboratóriumban előállították, majd ténylegesen megmérték, hogy mennyire kötődnek a vírusfehérjékhez.
A projekt során két olyan mutáns nanotestet találtak, amelyek a vad típushoz képest két különböző vírusváltozat (variáns) tüskefehérjéjéhez is erősebben kapcsolódnak.
A szerzők eredeti cikke itt érhető el:
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.4c01023
Podcast beszélgetés az idei kémiai Nobel-díjról:
https://www.youtube.com/watch?v=vXNP4IaG_HI