Minden életfolyamat mögött, akár normális, akár kóros, többé-kevésbé szelektív fehérje-fehérje kölcsönhatások állnak. Ezek mind részletesebb feltárása elősegíti az említett folyamatok mechanizmusának megértését, és lehetővé teszik a mechanizmus alapú beavatkozást is. Egy-egy kölcsönhatás létrejöttének szerkezeti alapjait csak nagyszámú mutánssal lehet feltárni. Az egyes fehérje-fehérje kölcsönhatások szerepének megértéséhez pedig olyan fehérjék szükségesek, amelyek rendkívüli szelektivitással képesek az érintett fehérje-kötőfelszínhez kötődni, megakadályozva az eredeti kölcsönhatást. Mindkét vizsgálathoz ideális megközelítés az irányított evolúció. Ennek során a vizsgált, vagy továbbfejleszteni kívánt fehérjéből tökéletesen irányított módon milliárdnyi variánst állítunk elő, majd ezekből kiszelektáljuk azokat, amelyek a) képesek az eredeti funkció betöltésére, - ezáltal feltárjuk a vadtípusú kölcsönhatás feltételrendszerét-, vagy b) valamilyen új kötőfunkcióval rendelkeznek, célzottan blokkolva egy konkrét fehérje-fehérje kölcsönhatást. Utóbbi típusú fejlesztés egyben gyógyszerfejlesztés irányú is lehet, amennyiben az adott kölcsönhatás blokkolása  terápiás szempontból előnyös.